In bestimmten Regionen des Landes besteht ein erhöhtes Infektionsrisiko für Schlafkrankheit (afrikanische Trypanosomiasis). Vier Reisende aus Großbritannien, Kanada und Australien erkrankten nach einem 1 bis 3 wöchigem Aufenthalt in Malawi im Januar 2007 an Schlafkrankheit. Die Reisenden hielten sich vor allem im Kasungu Nationalpark in der Zentralprovinz und im Vwasa Nationalpark in der Nordprovinz auf. Bei Aufenthalten in Ostafrika - vor allem in Wildreservaten und Nationalparks - werden aufgrund des Risikos der durch Mücken übertragenen Erkrankungen (z.B. Schlafkrankheit) sorgfältige Schutzmaßnahmen empfohlen.

Sporadisch werden vereinzelte Pestfälle aus dem Nsanje-Distrikt gemeldet. Insbesondere handelt es sich dabei um die Regionen Ndamera und Chimombo, in denen über 20 Dörfer über ein Auftreten der Erkrankung berichten. Rund 70 Pestfälle (sog. Bubonenpest) werden der Weltgesundheitsorganisation (WHO) pro Jahr aus Malawi gemeldet. Für Reisende stellt die Pest nur in absoluten Sonderfällen (z.B. Trekking- und Abenteuertouren in touristisch nicht erschlossene Infektionsgebiete, bzw. berufliche Exposition bei Entwicklungshelfern) ein Risiko dar. Nach Flohstich in einem Pest-Risikogebiet bzw. nach direktem Kontakt mit Lungenpest-Erkrankten können - nach Absprache mit dem Arzt - vorbeugend Antibiotika eingenommen werden.

Landesweit besteht eine erhöhte Infektionsgefahr für diverse Infektionskrankheiten die durch verunreinigte Speisen oder Getränke übertragen werden (z.B. Hepatitis A, Typhus, Bakterienruhr, Amöbenruhr, Lambliasis, Wurmerkrankungen). Daher sollten sorgfältige Nahrungsmittel- und Trinkwasser-Hygienemaßnahmen stets durchgeführt werden. Vor dem Verzehr und Kauf von Lebensmitteln aus billigen Straßenrestaurants und von Märkten wird gewarnt. Nach Deutsch land werden rund 80 - 90 % aller Typhus- und Paratyphusfälle aus Reiseregionen mit unzureichendem Hygienestandard importiert. Bei Reisen unter einfachen hygienischen Bedingungen (z.B. Rucksack- und Trekkingreisen) in Regionen mit erhöhtem Typhusvorkommen, ist daher ein Typhus - Impfschutz sinnvoll. Bei Reisen in Länder mit einem erhöhten Hepatitis A-Vorkommen sollte ein Hepatitis A-Impfschutz in Erwägung gezogen werden.